У церкви Троицы есть два исторических названия: Троица - на - Ямках и Троица - на - Репне. Второе название отсылает к 1389 году, когда во второй духовной грамоте Дмитрия Донского впервые упомянуто село Репенское, которое к XVII веку было поглощено городом. Репенское составило ядро Ямской слободы. "Ямские люди" упоминаются около церкви Троицы уже в документах XVI века. Именно они дали название образовавшейся слободе. Церковь слободы имела интересную особенность: она была территориальной, то есть прихожанами храма оставались жители соседних домов, что объяснялось неизменностью профессионального состава. Данная особенность отражалась на церковном быте троицкой общины. В день памяти святых мучеников Флора и Лавра (которым молились о сохранении лошадей, служивших основой жизни Ямской слободы), к церкви Троицы приводили празднично украшенных лошадей: в их гривы были вплетены бубенчики и разноцветные ленты. Затем служили водосвятный молебен и кропили лошадей. Праздник святых мучеников Флора и Лавра почитался как престольный около трёхсот лет, сохранялся до XX века и возродился ныне.

Церковь Троицы-на-Репне построена в 1696 году в стиле "русского барокко". В свое время была главным и самым богатым храмом Ямской слободы, так как была построена на пожертвования самой зажиточной части населения - ямщиков. Перестроенный во второй половине XIX века, храм утратил свой богатый декор и превратился в рядовой приходский храм. Четырехъярусная колокольня Троицкой церкви, построенная в начале XIX века, играет важную роль в формировании силуэта города. С неё открываются красивые виды на Коломну и окрестности.